Molecole facili e micologia ...

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mykol
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Molecole facili e micologia ...

Messaggio da mykol » dom 24 nov 2013, 14:17

Vorrei segnalarvi questa semplice spiegazione della possibile variabilità dei caratteri (ad esempio i colori ...) sul sito dell'amico Francesco Rodriguez.

http://www.amanite-europee.it/ alla voce filogenetica.

DanieleU
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Re: Molecole facili e micologia ...

Messaggio da DanieleU » dom 24 nov 2013, 14:57

Ho dato un'occhiata al sito di Rodriguez.
E' interessante e merita un commento articolato.
Per ora mi soffermo al solo aspetto riguardante la rappresentazione dei dati delle misurazioni.
Scrive Rodriguez: "Le misure sono relative alla lunghezza (L = Length), larghezza (W = Width) e al rapporto L/W = Q. Dei valori ottenuti riporto gli istogrammi. Ho preferito questa soluzione perchè, secondo me, è più intuitiva delle misure statistiche quali le medie, le deviazioni standard e altre il cui significato è noto a pochi. In futuro è possibile che decida di aggiungere una tabella in cui riporterò le statistiche dei miei campioni o, addirittura, i valori misurati."
Ha ragione l'A a riaffermare l'utilità degli istogrammi.
Un istogramma è intuitivo e rappresenta molto bene le caratteristiche della distribuzione di una variabile.
Tuttavia anche un istogramma va interpretato: bisogna, per esempio, comprendere il significato delle eventuali asimmetrie ("gobbe" a destra o a sinistra delle canne d'organo) Ed anche a come si configura la curtosi ( canne d'organo estremamente elevate al centro e base distributiva stretta= leptocurtosi; canne basse al centro e base larga= platicurtosi....)
Di sicuro imparare a leggere un istogramma ci da il senso della normalità del campione.

Tuttavia non possiamo fare a meno di ragionare anche sui numeri e, in questo, dissento da Rodriguez.
Peraltro, sottolineo, il campione deve SEMPRE servire a fare inferenze sulla popolazione; per cui i dati campionari devono essere rappresentativi della specie.
Inoltre, se non si ricorre ai numeri diventa difficile, se non impossibile, studiare la variabilità intra-individuale e intra-specifica.
Media, deviazione standard, percentili, nonchè i principali test: t di Student, per il confronto tra medie; F di Fisher per l'omoscedasticità delle varianze; test di Smirnov- Grubbs per la ricerca di outliers, dovrebbero essere il pane quotidiano per il micologo che fa ricerca.
Sto, peraltro, parlando di test e misure assolutamente semplici e di base; senza scomodare tecniche molto piu' complesse che dovrebbero essere impiegate negli studi fenologici ( purtroppo molto trascurati). Mi riferisco alle tecniche di analisi fattoriale ( PCA, CA, MCA ecc.) o a tecniche di machine learnig o di geostatistica per lo studio di variabili stazionarie.

Non conosco il software che propone Rodriguez.
personalmente ne consiglio due, entrambi open source ( gratuiti e scaricabili in rete: OpenStat e R).
Quest'ultimo è sicuramente uno dei migliori software statistici al mondo; dotato di 1200 librerie che riguardano, praticamente, tutto lo scibile scientifico.
R , da alcuni anni, è stato notevolmente semplificato dall'introduzione della GUI di J. Fox RCommander; del tutto intuitiva e con menu a "tendina" come in Windows.

DanieleU
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Re: Molecole facili e micologia ...

Messaggio da DanieleU » dom 24 nov 2013, 20:28

Ho visionato il software statistico "PAST" che suggerisce Rodriguez: non è male.
Va bene soprattutto per chi è abituato ad usare il foglio elettronico.
Il programma è sulla falsariga di SPSS.
Consente di ottenere molte funzioni, di statistica univariata, multivariata, analisi fattoriale.
Inoltre offre la possibilità di calcolare molti indici utilizzati in ecologia ( similarità, abbondanza, stress)
Anche la parte grafica è buona e ben corredata.
Direi che è valido sia per chi è alle prime armi che per chi ha già un pò di pratica con la statistica.
Inoltre , a corredo, c'è un manuale in .pdf che fornisce spiegazioni molto chiare sull'uso del programma; nonchè il significato degli operatori statistici, dei test ecc.
Con un pò di buona volontà, è adatto a tutti.

mykol
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Re: Molecole facili e micologia ...

Messaggio da mykol » lun 25 nov 2013, 16:40

R , da alcuni anni, è stato notevolmente semplificato dall'introduzione della GUI di J. Fox RCommander; del tutto intuitiva e con menu a "tendina" come in Windows.
Ma tu che S.O. usi, windows, linux o che altro ?

DanieleU
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Re: Molecole facili e micologia ...

Messaggio da DanieleU » lun 25 nov 2013, 17:08

mykol ha scritto:
R , da alcuni anni, è stato notevolmente semplificato dall'introduzione della GUI di J. Fox RCommander; del tutto intuitiva e con menu a "tendina" come in Windows.
Ma tu che S.O. usi, windows, linux o che altro ?
linux, naturalmente.
Ma con Wine, come sai, puoi anche far girare programmi compilati per Windows ( come nel caso di PAST)

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Re: Molecole facili e micologia ...

Messaggio da mykol » gio 28 nov 2013, 22:36

grazie, anch'io uso linux.

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