a proposito di Boletales

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fabiophorus
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a proposito di Boletales

Messaggio da fabiophorus » ven 22 ago 2008, 8:37

:)

Giorovagando in rete ho trovato questo 'schema'per le Boletales, proposto da Manfred Binder & David S.Hibbett (2004) :

http://www.clarku.edu/faculty/dhibbett/ ... 04_28S.gif (cliccare sull'immagine per ingrandirla)

ho bisogno del Vostro aiuto per imparare a 'leggere' ed interpretare questo tipo di schematizzazioni, perchè a causa della mia abissale ignoranza in materia non riesco a capire bene ciò che questo schema vuole significare... :? :oops: ....

fin d'ora Grazie per i Vostri contributi! :)

con amicizia!

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Re: a proposito di Boletales

Messaggio da cinzia » ven 22 ago 2008, 10:37

fabiophorus ha scritto::)

Giorovagando in rete ho trovato questo 'schema'per le Boletales, proposto da Manfred Binder & David S.Hibbett (2004) :

http://www.clarku.edu/faculty/dhibbett/ ... 04_28S.gif (cliccare sull'immagine per ingrandirla)

ho bisogno del Vostro aiuto per imparare a 'leggere' ed interpretare questo tipo di schematizzazioni, perchè a causa della mia abissale ignoranza in materia non riesco a capire bene ciò che questo schema vuole significare... :? :oops: ....

fin d'ora Grazie per i Vostri contributi! :)

con amicizia!
Il vero esperto è Alfredo, io non ci lavoro più da molti anni ma cercherò di spiegare quello che posso ricordarmi. E' un albero filogenetico ottenuto comparando delle sequenze di RNA. Semplificando più la strada che devi percorrere tra i rami per unire due specie è breve più le specie sono da considerare vicine dal punto di vista filogenetico, semplificando potremmo dire imparentate.
I numeri vicino ad alcuni rami sono legati al metodo matematico con cui l'allineamento delle sequenze di RNA viene trasformato in un albero filogenetico, in un certo senso più alto è il numero più alta è la consistenza di quel ramo.
Se poi hai omande specifiche a cui sono in grado di rispondere fai pure, altrimenti aspetteremo Sant'Alfredo :D

cinzia

fabiophorus
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Messaggio da fabiophorus » ven 22 ago 2008, 12:06

GRAZIE CINZIA...GENTILISSIMA! :)

...quindi deve essere letto come una sorta di 'albero di parentela'?...ma qual'è il punto di partenza?...è da 'leggersi'...dal basso verso l'alto...dall'alto verso il basso...o in altro modo?... :? :D

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Messaggio da cinzia » ven 22 ago 2008, 17:51

Si legge nel complesso, cioè si deve osservare come le diverse specie si raggrupano. Facciamo degli esempi, per esempio possiamo vedere che tutti i Suilus usati nello studio risultano ssere monofiletici, ovvero possono essere fatti tutti risalire ad un unico nodo dell'albero, in realtà nel gruppo sono compresi i Boletinus che, da come sono inserito nel ramo(clade) dei Suillus devono essere consierati appartenenti al genere Suillus stesso. Infatti credo che questo stia infatti accadendo. Come sister group i Suilus hanno il gruppo Gonphidius-Choorgonfus-Truncolumella
Un discorso simile si può fare per Scleroderma con al loro interno Velgaster che quindi dovrebbe essere chiamato Scleroderma.
I Leccinum invece appaiono polifietici perchè non stanno tutti insieme e anzi alcuni ragruppano con altri generi, il primo gruppo è molto forte perchè ha bootstrap del 100% mentre il secondo è ambiguo, immagino quindi non ben supportato.
Molte dicotomie non sono risolte perchè moltissimi rami discendono dallo stesso livello e molto appare da rivedere nei generi Boletuse Xerocomus, l'albero filogenetico ideale (secondo la cladistica) dovrebbe infatti avere solamente divisioni dicotomiche e invece sono molti i rami che escono allo stesso livello, significa che il sistema non è in grado di risolverli (per diversi motivi, limiti del sistema usato ma anche per come i gruppi si sono divisi, ad esempio una differeziazione rapida di diversi gruppi (in questo caso generi) in tempi evolutivi brevi.
Alcune minimali nozioni di cladistica per comprendere gli alberi. Gli alberi s costruiscono analizzando la condivisione di caratteri, che possono essere morfologici, biochimici, molecolari.Esistoo ovviamente regole e scuole su come devono essere scelti i caratteri, regole che vi risparmio. Come ho detto l'albero dovrebbe avere solamente dicotomie, cioè rami che si dividono in due, un vero gruppo dovrebbe essere monofiletico, cioè discendere tutto da un unico nodo e non contenere elementi di altri gruppi altrimenti diventa parafiletico. Se gli elementi di un gruppo risagono a nodi diversi significa che il gruppo è polifiletico ovvero formato da più rami, a rigore gruppi para o polifleciti dovrebbe subire una revisione.
Cosa sgnifica questo risalire ad un solo ramo, è un concetto imortante. Un gruppo filogenetico è corretto se formato da elementi che hanno un unico antenato, non solo tutti gli elementi nei rami a valle di quel nodo devono appartenere a quel gruppo. Il problema è che in natura le cose sono spesso più complesse delle rigide regole imposte dalla cladistica, soprattutto quando si lavora sui grandi gruppi, negli animali per esempio già a livello di classe nascono i problemi.
Ti faccio un esempio tra gli animali che conosco meglio. La classe dei Rettili è certamente parafiletica perchè contiene anche il clade degli uccelli, i quali raggruppano insieme al ramo dei coccodrilli. Dal punto di vista cladistico la classe rettili non potrebbe esistere in quanto essa contiene un gruppo diverso, a meno che non consideriamo gli uccelli come apartenenti ai rettili, cosa che alcuni autori fanno. Un discorso simile si potrebbe fare tra i pesci ossei e i tetrapodi (cioè i vetebrati terrestri).

Mi fermo qui, altrimenti mi tocca andarmi a ripassare i libri dell'università che stanno in soffitta, se ho detto qualche fesseria, andando a memoria su cose che nn studio da moltissimi anni, interverrà Alfredo che è molto più informato e aggiornato di me.

cinzia

ps: molto di più dell'albero si capirebbe leggendo la discussione che loro fanno nella ricerca e che non ho ancora guardato
Ultima modifica di cinzia il ven 22 ago 2008, 18:06, modificato 1 volta in totale.

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Messaggio da cinzia » ven 22 ago 2008, 18:02

Per quanto riguarda gli esempi che ho citato si possono vedere questi links
L' Albero degli amnioti che comprene i mammiferi (Synapsida) e i rettili di cui esistono solo due gruppi attuali: testuggini (di incerto posizionamento) e i Diapsida che comprendono tutti gli altri rettili e gli uccelli.
Se apriamo il clade dei Diapsida vediamo l'albero relativo con soltanto due rami attuali, gli altri sono estinti, che sono gli arcosauromorfi, comprendenti i coccodrilli, gli uccelli e i lro parenti estinti come i dinosauri, e il ramo dei lepidosauromorfi, cioè i rettili squamati, ovvero i sauri i serpenti e tutti gli altri rettili attuali ad aeccezione di coccodrilli e tartarughe.

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Messaggio da carlo » ven 22 ago 2008, 18:06

Ciao Cinzia :) Dall'alto della mia ignoranza, approfitto anch'io...
Quando invece troviamo stesso Genere e stessa specie sdoppiate e lontanissime nell'albero come ad esempio per restare alla tavola di Fabio, nel caso di Xerocomus pruinatus e Xerocomus chrysenteron cosa significa ? Saranno mica parenti disconosciuti ? :lol: :lol: :lol:

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Messaggio da cinzia » ven 22 ago 2008, 18:20

Bisognerebbe leggersi l'articolo, ma così su due piedi il sistema non risolve diversi generi, tra cui Boletus e Xerocomus. Come edi alcuni Xer. ragruppano insieme, così come alcuni Boletus, ma in generale i due generi sono sparsi qua e là anche se molti rami non sono ben supportati, quelli senza numero hanno bassi valori di botstrap. Cosa vuol dire? Vuol dire che il sistema non è in grado di discriminare o che quest generi dovrebbero essere rivisti o anche entrambe le cose. Nell'albero appare molto bene che il genere Suillus è monofiletico e che Boletinus non avrebbe ragione di esistere, così come appaiono monofiletici gli Scleroderma. Per gli altri ci vogliono anche altri studi.

Considerate che, a mio parere, non si deve valutare solamente un solo sistema genico, ma vanno confrontati diversi dati molecolari e anche dati morfologici, non esiste un sistema che da solo risolve un problema. Questo ha dimostrato di essere informativo per alcune cose ma non per altre, che dovranno essere risolte usando altri loci genici.

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Messaggio da fabiophorus » ven 22 ago 2008, 23:15

:) ...interessantissimo!

...e se ho capito bene...(ad esempio)...vengono considerate Phylloporus rodoxanthus e Phylloporus pellettieri come specie distinte, per quanto assai imparentate? (io pensavo che si tendesse a considerarle sinonime...probabilmente c'è qualche inghippo di nomenclatura :D )...e le stesse due specie sarebbero piuttosto vicine a Xerocomus lanatus e Xerocomus subtomentosus?...mentre il gruppo di Xerocomus (crysenteron, pruinatus, porosporus, cisalpinus, ripariellus, driophylus, fennicus)...sarebbero non troppo vicini al 'subtomentosus-group'..così come al 'rubellus-group'...perchè li trovo agli apici...di 'ramificazioni'...mi pare di capire...ben distinte le une dalle altre...ho interpretato bene?...oppure ho toppato clamorosamente? :oops: :D

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Messaggio da mfilippa » sab 23 ago 2008, 9:53

Ritengo sia molto imprudente per chi non ha dimestichezza con queste cose osservare l'albero e trarne delle conclusioni.
Credo che una delle difficoltà nel preparare questi alberi sia che bisogna rendere bidimensionale qualcosa che bidimensionale non è, quindi per forza viene fuori qualche deformazione.
Anche il fatto dei due nomi di Phylloporus va preso con le pinze: probabilmente lo studio è stato fatto su diversi campioni provenienti da autori e determinatori diversi, e si è lasciato il nome assegnato al singolo campione quando è stato determinato macro-micro-morfologicamente. Oppure dimostra che sono due, sì, ma quale è l'uno e quale l'altro probabilmente si saprà solo dopo avere sequenziato gli esemplari tipici.

fabiophorus
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Messaggio da fabiophorus » sab 23 ago 2008, 11:25

Ciao Mario! :) sono assolutamente daccordo con Te!...queste domande le ho poste solo con il desiderio di cercare di capire qualcosa (impresa invero assai ardua per me! :D )...riguardo a questi metodi di indagine biomolecolare e alle possibili interpretazioni dei risultati...e tutto ciò che ho dedotto (analizzando lo schema proposto) riguardo a Phylloporus, Xerocomus..ecc...sono ovviamente solo ed irrimediabilmente mie semplici congetture (quasi un pensare ad alta 'voce')...completamente prive di qualsivoglia valore...sembra di capire che l'entità determinata come P.pellettieri abbia mostrato differenze biomolecolari con le due raccolte dell'entità determinata P.rodoxanthus...sempre se ho capito il significato delle 'ramificazioni-bidimensionali'........ :oops:

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