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Valerio Del Rosario
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Messaggio da Valerio Del Rosario » sab 14 nov 2009, 16:25

Continuo qui la discussione iniziata in un post della sezione Inocybe - funghi da determinare. Come già accennato in quella sede, ho realizzato una bozza di programma per la individuazione di specie fungine appartenenti al genere inocybe (ma con qualche modifica, estendibile ad altri generi).Il programma sfrutta i dati contenuti in un file xml facilmente modificabile anche con un editor di testo. Per ora il programma è pensato per una ricerca basata sulle caratteristiche microscopiche. La ragione è piuttosto semplice: come già evidenziato da alcuni utenti :applause: la difficoltà in questo tipo di applicazioni consiste nella terminologia usata per descrivere le caratteristiche del fungo da determinare. Se, infatti, la ricerca viene effettuata con una terminologia che non coincide alla perfezione con quella inserita nella base di dati, il risultato sarà negativo :cry: . Al fine di ovviare a questo problema ho scelto di utilizzare (per ora) solo caratteristiche microscopiche dotate di una certa oggettività, come la misura delle spore, la forma delle stesse (limitata, per le inocybi a liscia e angolosa-gibbosa), la presenza di pleurocistidi, la presenza e posizione dei caulocistidi (anche qui le opzioni sono limitate ad: assenti, presenti nel terzo superiore del gambo, presenti su gran parte del gambo) ed infine la misura dei cistidi imeniali. Queste caratteristiche non dipendono da valutazioni soggettive ma solo da una corretta analisi microscopica. Questo consente al programma di imporre all'utente solo opzioni predeterminate :!: senza possibili confusioni terminologiche. E' stato giustamente sottolineato come il programma difficilmente giunge da solo ad una identificazione inequivocabile. D'altra parte il programma non è pensato per sostituirsi all'utente, ma solo per aiutarlo nella individuazione di specie compatibili con i criteri di ricerca impostati. Mi preme sottolineare come in realtà la cosa più importante non sia il programma ma la struttura del file contenente le informazioni relative alle caratteristiche delle singole specie. Il vero scopo è quello di implementare tale struttura così da consentire, con il più elevato grado di obiettività, l'inserimento delle informazioni necessarie alla completa descrizione delle specie. Ribadisco che il progetto è open source ed è destinato alla libera distribuzione, per cui chiunque vorrà, potrà richiedere, utilizzare e modificare liberamente tutte le risorse disponibili. Per testare il programma e la base di dati potete inviarmi un MP.
Ciao :bye:
Valerio
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Re: MycoXML

Messaggio da Erminio » sab 14 nov 2009, 17:18

Bravo Valerio!
Anche se il mio apprezzamento è quello di una persona poco incline ad usare simili tecniche, mi sembra un sistema molto ingegnoso. Staremo a sentire cosa ne pensano i miei colleghi inocibologi e l'amico Giorgio.
:applause:
:bye: Erminio

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Re: MycoXML

Messaggio da Micogian » sab 14 nov 2009, 17:27

Molto interessante, complimenti per il lavoro. :applause:
E' senza dubbio una strada che merita di lavorarci su.
Personalmente avevo da tempo realizzato un programma basato sulle chiavi dicotomiche. Finora non è stato possibile metterlo in rete per la difficoltà relativa alle autorizzazioni degli Autori delle varie chiavi. Un esempio di questa struttura potete averla QUI
Non è detto che le due soluzioni possano integrarsi, si tratta di studiare la soluzione migliore.

Per quanto riguarda una delle problematiche indicate da Valerio, la terminologia da usare, una serie di disegni potrebbe aiutare molto nella definizione delle caratteristiche, fermo restando la necessità di predisporre sempre opzioni predeterminate e quindi scelte dall'utente da una lista, sia essa in formato testo o grafico.

Il discorso è aperto.

Gianni :bye:

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Re: MycoXML

Messaggio da mykol » dom 15 nov 2009, 1:03

nei vari tentativi che ho fatto di usare programmi del genere mi sono sovente (per non dire quasi sempre) scontrato con la terminologia adottata. Se essa è troppo schematica rischia di non considerare la naturale variabilità della specie (dimensioni, colori, altre caratteristiche organolettiche ed anche forma e dimensioni degli elementi rilevabili all'osservazione microscopica). Se invece essa è troppo ampia la selettività che ne risulta é scarsa.

Uno dei trucchi che secondo me si potrebbero attuare é quello di dare un "peso" diverso ai vari caratteri (addirittura esclusivo per quelli che devono essere necessariamente presenti) in modo di ottenere un risultato che elenchi in ordine di probabilità le varie specie compatibili con i criteri ed i dati forniti.

Tornando a questa chiave il fatto di considerare solo i caratteri microscopici semplifica il tutto, ma ... si possono determinare le Inocybe dai soli caratteri microscopici ?
So che gli autori di revisioni di erbari, ecc..., per forza di cose, operano in questo modo, ma quanto sono completi ed affidabili questi studi ?

Sicuramente i programmi del genere sono in grado (se correttamente impiegati) di restringere di molto il campo di indagine e forse é questo il loro ambito di utilizzo.

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Re: MycoXML

Messaggio da mykol » dom 15 nov 2009, 1:04

il programma funziona con tutti i sistemi operativi o solo con windows ?

Valerio Del Rosario
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Re: MycoXML

Messaggio da Valerio Del Rosario » dom 15 nov 2009, 14:57

Il programma è scritto in visual basic per cui funziona solo con windows. Tuttavia la base di dati che interroga consiste in un file xml strutturato secondo uno standard "aperto". Molti linguaggi di programmazione sono in grado di gestire file xml come fossero dei "veri" database e chiunque conosca tali linguaggi potrebbe sfruttare il contenitore delle informazioni con applicazioni pensate per i più diversi sistemi operativi ed anche per interrogazioni dirette attraverso internet. Per questo motivo, come già detto, dal mio punto di vista, l'obiettivo più ambizioso sarebbe implementare la struttura del file xml così da comprendere il maggior numero di caratteristiche. In secondo luogo andrebbe definita una terminologia standard al fine di evitare risultati non attinenti ai parametri di ricerca. Il risultato si ottiene, a mio modesto avviso, utlizzando opzioni il più possibile esclusive e non interferenti tra di loro che, però, considerate nel loro insieme riescono a racchiudere la totalità delle specie (es. spore "lisce" e "non lisce"). E' evidente che in tal modo la conoscenza di un solo parametro non consentirebbe di ottenere un risultato utile. La conoscenza di più parametri (anche solo tre o quattro) permette invece una selezione più accurata. Invio una foto del file xml aperto col blocco note (ma lo stesso risultato si ottiene con l'editor di testo di qualsiasi sitema operativo).
Per quanto attiene alla visualizzazione dei risultati in ordine di probabilità, è effettivamente possibile inserire nel programma un parametro pari alla differenza tra i valori inseriti dall'utente e quelli previsti dal file xml. Vedrò di studiare la cosa.
Ciao. :bye:
Valerio
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